Cachoeira do Sul foi selecionada para ser um dos pólos de ensino a distância da Universidade Federal de Santa Maria (UFSM) através do programa Universidade Aberta do Brasil (UAB). A cidade foi contemplada com o curso de Pedagogia, instituído em cooperação técnica com o Ministério da Educação. Pelo projeto, a Prefeitura oferece estrutura física e parte dos recursos humanos. Nesse sistema de ensino a distância, o Executivo garantirá as funções administrativas do pólo, ficando a universidade responsável pela parte acadêmica. Um dos requisitos do programa UAB é a existência de um laboratório de informática, com no mínimo 25 computadores conectados à internet, para que os alunos possam acessar os conteúdos dos cursos. Essa estrutura já foi garantida pela Prefeitura, bem como 11 profissionais na área da educação, incluindo seis tutores para acompanhar os estudantes durante as aulas. No total, o Rio Grande do Sul terá 27 pólos no Universidade Aberta do Brasil, com vestibular marcado para 2007. As provas seguem os mesmos conteúdos das aplicadas para ingresso nos cursos presenciais. A duração dos cursos a distância também é a mesma dos presenciais.
A modalidade de ensino a distância não é novidade na cidade, mas em 2006 essa possibilidade de completar o ensino superior instalou em Cachoeira do Sul com mais força. A Faculdade Internacional de Curitiba (Facinter), do Grupo Educacional Uninter, trazida pela Rede Cipel, foi a pioneira em oferecer cursos com a integralidade das aulas realizadas por videoconferência. Atualmente, há turmas de Comércio Exterior, Gestão de Negócios de Pequeno e Médio Porte, Marketing e Propaganda e Normal Superior.
Todas as aulas são ministradas na capital paranaense e transmitidas simultaneamente para os alunos através de videoconferência, uma vez por semana, no turno da noite. Um professor tutor acompanha a passagem dos conteúdos e é responsável por esclarecer dúvidas dos estudantes cachoeirenses, que também dispõem de um serviço virtual para isso. As provas são presenciais e separadas por disciplina.
Na unidade Cachoeira do Sul da Universidade Luterana do Brasil (Ulbra), que é um núcleo de ensino presencial, há disciplinas ministradas a distância desde 2004. Os conteúdos são disponibilizados via plataforma, na internet, e podem ser acessados até de casa, em qualquer horário. O Núcleo de Ensino a Distância da instituição (UlbraOrbe) realiza o gerenciamento pedagógico dos materiais elaborados pelos professores.
Esquema similar também existe na Universidade Estadual do Rio Grande do Sul (Uergs). Em Cachoeira, principalmente as turmas de Administração Rural tiveram algumas de suas disciplinas ministradas a distância. Desde o primeiro semestre, a instituição oferece curso básico de formação, que é obrigatório para quem desejar ou precisar utilizar a modalidade. Além das aulas, os acadêmicos também podem, através da internet, participar de cursos gratuitos de línguas, como inglês e italiano.
A Faculdade Dom Alberto está trazendo a Cachoeira do Sul os cursos a distância de pós-graduação em Supervisão Escolar, Educação Infantil, Psicopedagogia Institucional e Psicopedagogia Clínica. As aulas, transmitidas via satélite e acompanhadas por um professor tutor, serão ministradas nas dependências do Colégio Imaculada Conceição. Podem participar as pessoas formadas em licenciatura plena.